Jak sprawdzić haplogrupę Y-DNA z wyniku testu autosomalnego?

by Marta Sobota
Haplogrupa Y-DNA z testu autosomalnego

Niektóre firmy oprócz DNA autosomalnego (chromosomy od 1 do 22), sprawdzają także pozycje na chromosomie Y1. Dzięki temu, możemy wygenerować ogólną informację o haplogrupie linii męskiej i dowiedzieć się, jaką drogą migrowali nasi męscy przodkowie przez ostatnie tysiące lat!

Chromosom Y jest przekazywany z ojca na syna, więc mają go jedynie mężczyźni. Jeśli kobieta chce sprawdzić haplogrupę np. ojca lub męża, będzie potrzebowała ich wyników.

Firmy, które do DNA autosomalnego sprawdzają także niektóre pozycje na chromosomie Y i ilość pozycji (SNP)2:

  • 23andMe – 3 733,
  • AncestryDNA – 1 691,
  • MyHeritage – 3 495

Family Tree DNA w teście autosomalnym (nazywanym u nich Family Finder) nie sprawdza żadnych pozycji na chromosomie Y. Zapewne dlatego, że w swojej ofercie mają osobne testy chromosomu Y. [edycja grudzień 2023: Od tego miesiąca Family Tree DNA pokazuje na kontach osób, które zrobiły test w ich firmie ogólną informację o haplogrupie Y-DNA. Jest ona na poziomie podobnym do tego, co wskazuje 23andMe (może się różnic w zależności od haplogrupy). Dla krewnych wyniki haplogrupy Y-DNA są widoczne tylko jeśli osoba zrobiła test w Family Tree DNA lub w My Heritage. Jeśli test był wgrany z 23andMe lub Ancestry, informacja widoczna będzie tylko dla właściciela konta.]

Haplogrupy wygenerowane z testów autosomalnych przedstawionych w tym artykule są porównywalne do mniej więcej poziomu badań STR Y-37/Y-67 w FTDNA.

Clade Finder

Do wygenerowania haplogrupy skorzystamy z narzędzia Clade Finder napisanego przez Huntera Provyn’a udostępnionego na stronie firmy YSEQ. Sprawdzimy, co Clade Finder wskaże dla tej samej osoby z wyników Ancestry oraz My Heritage3.

Zanim zaczniemy pracę z Clade Finderem, należy przygotować plik z surowymi danymi z Ancestry i/lub MyHeritage. Instrukcje, jak pobrać dane znajdziesz poniżej:

Jak pobrać wynik z Ancestry?

Jak pobrać wynik z My Heritage?

Po pobraniu wyniku, należy go rozpakować z formatu .zip do .csv lub .txt – takiego będziemy używać do analizy.

Zjeżdżamy na dół strony, gdzie jest opcja File upload – klikamy na „Choose file” i wskazujemy plik z surowymi danymi.

Po wgraniu pliku pokaże się tabelka z przewidywaną haplogrupą.

Ancestry

Z wyniku Ancestry, Clade Finder wskazał haplogrupę R-L1029, która mieści się pod R1a.

Jako kolejna prognoza (Next best prediciton u dołu strony) zostało wskazane R-Z282, które na drzewku Y-DNA jest wyżej niż R-L1029 (R-Z282 jest „rodzicem” R-L1029). Skąd zatem taka prognoza? Hunter Proven, twórca narzędzia wytłumaczył4, że dzieje się tak, gdy próbka ma wystarczająco dużo SNP, by mieć pewność, że zarówno wskazany subkład (R-L1029) oraz haplogrupa (R-Z282) mają 100% pokrycia i pewności.

R-Z282 jest na drzewie haplogrup Y-DNA „rodzicem” R-L1029

My Heritage

Z wyniku My Heritage, Clade Finder wskazał haplogrupę R-M458.

Jako kolejna prognoza zostało wskazane R-Z2125, jednak wynik powinien pokazać R-M458, a więc inną linię R1a. Jest to znany problem, że wyniki z My Heritage wskazują haplogrupę R-Z2125 u mężczyzn, którzy w rzeczywistości są R-M458. My Heritage sprawdza pozycje SNP, które pasują do obu tych poziomów i algorytm pokazuje dwie alternatywne gałęzie. My Heritage wie o tym problemie od 2021 roku5.

Podsumowanie

Clade Finder jest dobrym narzędziem do ogólnego wskazania informacji o haplogrupie Y-DNA. Ma jednak pewne swoje ograniczenia, pokazane w powyższym artykule. Dlatego jeśli jesteś żywo zainteresowany/-a informacjami o swojej linii męskiej, polecam badanie pełnego chromosomu Y w Family Tree DNA (BIG-Y) lub badanie całego genomu (WGS – Whole Genome Sequencing) w Dante Labs lub Nebuli.

  1. Część firm sprawdza rownież trochę informacji na chromosomie X oraz DNA mitochondrialnym (mtDNA)
  2. https://isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_testing_comparison_chart [dostęp: 7 listopada 2022r.]
  3. 23andMe informuje nas o haplogrupie Y-DNA, a po umieszczeniu w Clade Finderze, generuje się ta sama haplogrupa.
  4. Korespondencja e-mailowa
  5. Informacja przesłana mailem od Huntera Proven’a
8 komentarzy
0

You may also like

8 komentarzy

Andrzej 2 grudnia, 2022 - 10:17 pm

Bardzo przydatny artykuł! Właśnie otrzymałem wyniki Y-DNA111 i dzięki informacjom z Pani bloga szybko porównałem je z wynikami autosomalnymi które robiłem już jakiś czas temu. Oczywiście linia się pokrywa 🙂 Choć oczekiwałem że dowiem się czegoś więcej o mojej pozycji w Drzewie Chromosomu Y. Czy zna Pani jakiś poręczny kalkulator który uściśliłby haplogrupę? FamilyTreeDNA oferyje oczywiście kolejne testy na SNP ale to dodatkowe koszty – i to wcale nie małe. Pozdrawiam!

Reply
Marta Sobota 6 grudnia, 2022 - 9:26 pm

Cieszę się, że wyniki się zgadzają 🙂 Niestety na tym etapie żaden kalkulator nie pomoże i w zależności od tego, jaka jest to haplogrupa, kolejnym krokiem będzie decyzja o upgradzie do BIG-a (oprócz 111 STR-ów zbadanie SNP chromosomu Y) lub pakiet konkretnych SNP. Polecam zapisanie się do grupy dyskusyjnej odpowiedniej dla Twojej haplogrupy na stronie FTDNA. Są tam osoby o bardzo specjalistycznej wiedzy (konkretnych gałęzi Y-DNA). W zależności od tego, jaką masz haplogrupę, być może doradzą Ci, czy wystarczy tańszy pakiet SNP, zamiast pełnego BIGa.

Reply
Wojtek 7 sierpnia, 2023 - 8:59 pm

Witam.
Wgrałem wyniki testu z Ancestry do tego narzędzia i wyszło mi coś takiego:
Od góry: I – L621, I – CTS10936, I – Y45825
Recommends: I2a – M423
Co to oznacza? Bo niestety nie orientuję się wgl. 🙁
Pozdrawiam
Wojtek

Reply
Marta Sobota 8 sierpnia, 2023 - 9:05 pm

Cześć Wojtek, I2a–M423 (powstała ok. 18 tysięcy lat temu), z niej wywodzi się I-L621 (powstała ok. 9500 tysięcy lat temu). Natomiast I–CTS10936 oraz I–Y45825 to dwie osobne gałązki wychodzące spod I-L621, na obu być nie możesz, widocznie z testu Ancestry nie można było rozstrzygnąć, która gałązka jest Twoja 🙂 Możesz zgłębiać wiedzę o I-L621 lub o obu gałązkach poziom niżej, lecz by rozstrzygnąć, do której należysz, trzeba by zrobić bardziej dokładny test. Pewnie wynik z 23andMe już dałby więcej informacji, ale jeśli jesteś naprawdę zainteresowany Y-DNA i linią męską, lepiej będzie zdecydować się na pełne sekwencjonowanie, czyli tzw. test BIG-Y (Family Tree DNA lub WGS).
I2 to prasłowiańska haplogrupa pochodząca z Europy Południowej, jest uważana za najstarszą męską linię w Polsce, choć obecnie najpopularniejszą haplogrupą mężczyzn w naszym kraju jest R1a (ponad 55% populacji).
Wśród znanych osób, które mają haplogrupę I2 są m.in. Chuck Norris, Bill Gates, Marcin Luter 🙂
Więcej informacji znajdziesz w narzędziu Discovery firmy FTDNA: https://discover.familytreedna.com/y-dna/I-L621/story
Miłej lektury 🙂

Reply
Bartek 10 stycznia, 2024 - 11:18 am

Witam, w moim wyniku z MyHeritage wyszło R-Z2125 jako wynik, natomiast R-Z645 jako następny najlepszy wynik. Czy powinienem przyjąć ten wynik za prawdopodobny, czy też nadal aktualny jest problem z MyHeritage i przyjąć możliwość, że w rzeczywistości może to być R-M458?

Reply
Marta Sobota 10 lutego, 2024 - 11:22 am

Cześć Bartku, chip MyHeritage narazie nie został zmieniony, więc Twoja haplogrupa to R-Z645 (R1a-Z645), a czy dokładniej R-Z2125 czy R-M458, trzeba by sprawdzić bardziej dokładnym testem 👍

Reply
Adrian 11 lutego, 2024 - 1:52 pm

Witaj Marto,
bardzo pomocny artykuł. Dziękuję.
Wgrałem wyniki swojego testu autosomalnego z MyHeritage do Clade Finder. W pierwszym wyniku otrzymałem haplogrupę R-L23, a kolejnym przewidywanym jest wynikiem jest R-M269. Czy to oznacza, że posiadam faktycznie haplogrupę R1b, czy potrzebne są pogłębione badania mojego Y-DNA?
Pozdrawiam,
Adrian 🙂

Reply
Marta Sobota 11 lutego, 2024 - 8:46 pm

Tak, R-L23 jest podgałązką R-M269, a ta jest podgałązką R1b. Twoja haplogrupa to R1b, a pogłębione badanie (np. BIG-Y lub WGS) uszczegółowiłoby wynik jeszcze bardziej. Wspólny męski przodek dla R-M269 żył ok 6400 lat temu, dla R-L23 ok 6100 lat temu. Dokładne badanie chromosomu Y mogłoby „przybliżyć” Cię do czasów bliższych współczesności. Jak bardzo? Różnie to bywa i zależy kto jest w bazie na dany moment. Niektórzy znajdują informacje o haplogrupie, która powstała 200 lat temu, inni 500, a jeszcze inni 1000. Przy czym z czasem do baz dochodzą nowe osoby i drzewo filogentyczne wciąż się rozwija.

Reply

Leave a Comment