GEDMatch Lazarus – odtwarzamy DNA osoby zmarłej

by Marta Sobota
Lazarus odtwarzenie DNA osoby zmarłej

Lazarus to narzędzie dostępne na platformie GEDMatch, służące do odtworzenia DNA zmarłej osoby. W jaki sposób? Poprzez dopasowanie segmentów między potomkami zmarłego z jej/jego innymi krewnymi (przodkami, rodzeństwem, ciotkami, wujkami itd.).

Wynik stworzony za pomocą Lazarusa zawiera mniej danych niż gdyby dana osoba wykonała test, mimo tego, może być bardzo użyteczny. Im więcej mamy wyników bliskich krewnych, tym lepszy będzie rezultat. Do stworzenia Lazarusa możemy także użyć DNA odległych kuzynów, jednak w takim przypadku będzie potrzebnych wiele testów.

Co można zrobić ze stworzonym Lazarusem?

Wyniku Lazarusa można używać na GEDMatchu tak samo jak każdego innego wyniku DNA. Jednak, by móc go używać w narzędziu porównawczym jeden do wielu (one to many), Lazarus musi zawierać minimum 1500cM.

Sprawdźmy jak to działa. Osobą, której DNA chcemy odtworzyć jest Stanisław. Mamy dostępne wyniki DNA jego:

  • żony
  • córki Beaty
  • córki Anny
  • siostry, Zofii

Rodzina Stanisława DNA

Tworzenie Lazarusa

Zaczynamy od wpisania imienia osoby, której DNA chcemy odtworzyć i wybrania płci. Opcjonalnie możemy też dodać swój komentarz lub opis dla tego zestawu:

Kolejnym krokiem jest wybór progu najmniejszych segmentów, które chcemy ująć w zestawieniu. Domyślnie jest to 6cM. Jeśli wiemy, że w rodzinie występowała endogamia, możemy ustalić próg na wyższym poziomie, np. 12 lub nawet 15cM. W przeciwnym wypadku zostawiamy 6cM.

Lazarus - krok 2 - próg wielkości segmentów

Następnie wybieramy sposób, w jaki chcemy przeprocesować dane. Mamy do wyboru trzy opcje:

1) Trial Run – Wynik próbny – nie zostanie stworzony wynik DNA, ale zobaczymy tabelę, na postawie której zostałby stworzony wynik i ile cM udało się odtworzyć.

2) No batch processing – Umożliwi porównania jeden do jednego (one to one), ale nie będą możliwe porównania jeden do wielu (one to many)

3) Full processing – stworzenie wyniku DNA, który zapisze się na naszym koncie jako wynik nowej osoby (zestaw ze swoim numerem GEDMatch)

Wybór sposobu procesowania danych

Jeśli nie jesteśmy pewni, czy z posiadanych danych, będzie można stworzyć Lazarusa, na początek dobrze jest pobawić się narzędziem i wybrać np. opcję Trial Run, by sprawdzić, czy przekroczymy minimalny próg do porównań jeden do wielu czyli 1500cM.

Pora na wpisywanie numerów zestawów.

Grupa 0 – małżonek lub jego krewni – opcjonalna

Grupa 0 jest opcjonalna, jeśli mamy taką możliwość, podajemy tu DNA małżonka osoby, której DNA chcemy odtworzyć. Jeśli nie mamy dostępu do wyniku DNA małżonka, można tu użyć różnych wyników DNA krewnych ze strony małżonka (np. rodzeństwo, rodzice, kuzyni)

Celem tej sekcji jest usunięcie z Lazarusa endogamicznych segmentów DNA. To znaczy, że jeśli zostanie znalezione dopasowanie między grupą 0 i grupą 2 (krewnymi zmarłego), te fragmenty zostaną usunięte.

Poza tym przeprocesowanie DNA małżonka umożliwia dokładniejsze wygenerowanie fragmentów DNA, które dziecko odziedziczyło po osobie, której DNA odtwarzamy. Jak w matematyce, jeśli 1 + 2 = 3, gdzie 1 i 2 to rodzice, a 3 to dziecko, chcąc otrzymać wynik rodzica odejmujemy np. 3 – 2 i wychodzi nam 1

Podając numery zestawów, zwróćcie uwagę, by na końcu numeru nie było wolnej spacji. Zdarza się to przy kopiowaniu, a powoduje błąd przy generowaniu wyniku.

UWAGA! Jeśli dzieci z grupy 1 (kolejna, którą będziemy uzupełniać) to rodzeństwo przyrodnie – jak w tym przykładzie – Anna i Beata to siostry przyrodnie mające tego samego ojca – pole to pozostawiamy puste.

Mimo, że mamy wynik Partnerki II, w naszym przykładzie nie podamy go do obliczeń.

Lazarus - krok 4 - grupa 0

Grupa 1 – potomkowie

W tej grupie wymagane jest podanie minimum jednego zestawu. Do grupy 1 wpisujemy wyniki DNA potomków osoby, której Lazarusa tworzymy. Możemy tu wpisać numery zestawów dzieci, wnuków. Jednak jeśli mamy wynik dziecka, nie musimy już podawać zestawów wnuków (pochodzących od tego dziecka). W przypadku naszego przykładowego Lazarusa dla Stanisława, podajemy wynik jego dwóch córek, Anny i Beaty.

Lazarus - krok 5 - grupa 1

Grupa 2 – krewni

W tej grupie podajemy conajmniej jeden zestaw DNA z grupy krewnych, którzy nie są potomkami. Czyli np. DNA rodzeństwa, cioci/wujka, rodziców, kuzynów.

Możemy tu wpisać również numery zestawów osób, które wiemy, że są spokrewnione z osobą, której Lazarusa tworzymy. W tej grupie chcemy podać jak najwięcej zestawów (możliwe jest wpisanie nawet 100!).

W moim przykładzie podaję DNA siostry Stanisława, Zofii, ale gdybym nie miała jej wyniku, a widziałabym które osoby, mają dopasowania z córką Beatą, ale nie mają z jej mamą, to znaczy, że to pokrewieństwa ze strony Stanisława. Te osoby możemy wpisać właśnie do grupy 2.

Lazarus - krok 6 - grupa 2

Generowanie Lazarusa

Po dodaniu zestawów do grup 1 i 2 (opcjonalnie także do grupy 0), klikamy przycisk „Generate”, GedMatch przeanalizuje dane, może to chwilę zająć.

W pierwszej kolejności, GEDMatch wygeneruje tabele fragmentów między zestawami z grupy 1 i 2. Następnie zostaną porównane zestawy z grupy 0 i 2, jeśli zostaną znalezione wspólne fragmenty, zostaną usunięte.

Zestaw, który stworzyłam ma 2430.7cM, czyli mogę go używać do porównań jeden-do-wielu.

Najlepszy wynik, jaki możemy osiągnąć w Lazarusie zawiera się w przedziale 3000 – 3600 cM.

Tabele, skąd pochodzą dane zapisane w Lazarusie widoczne po jego wygenerowaniu, są dostępne jedynie w tym momencie, więc jeśli chcesz zapisać informacje, z których zestawów i na których chromosomach stworzony jest Lazarus, teraz jest dobry moment, by je zapisać.

Podsumowanie

Stworzony Lazarus w najlepszym wypadku odtworzy 50% DNA zmarłej osoby. Należy mieć na uwadze, że szansa na wyniki fałszywie dodatnie jest nieco większa niż w przypadku „standardowych” wyników DNA. Traktujmy ten wynik jako wskazówkę, a nie pewnik.

Przy tworzeniu Lazarusa dodanie każdego kolejnego dziecka zwiększy ilość odtworzonego DNA, ale dzieje się tak do czwórki dzieci, wartość dodana z piątego i kolejnych będzie mniejsza niż np. między drugim a trzecim.

Jeśli nie masz wyników bliskich krewnych osoby zmarłej, jego dzieci, rodziców lub rodzeństwa, stworzenie Lazarusa nie będzie możliwe lub zostanie utworzony zestaw, który ma mniej niż wymagane  do porównań jeden-do-wielu 1500cM.

Lazarus nie odtworzy całego DNA osoby zmarłej, ale lepsze to niż nic i warto jest spróbować i zobaczyć, ile jesteśmy w stanie stworzyć.

2 komentarze
0

You may also like

2 komentarze

grzeszcze 20 lutego, 2021 - 5:01 pm

Mając na uwadze porównanie testów z Twojej strony – jakie testy polecasz aby odzyskać DNA z linii męskiem ?
autosomalne 23andme analizuje więcej Y – ja chcę odzyskać DNA teścia ( mam do zanalizowania dane jego córki (MH) , żony i brata) oraz mojego ojca gdzie mam DNA moje (MH), i mam do przebadania siostrę taty i moją matkę ( dla nich nie mam testw) – któ®e zatem testy wybrać aby jak najwięcej odzyskać ?

Reply
Marta Sobota 20 lutego, 2021 - 5:28 pm

Jeśli już macie wyniki z MyHeritage, lepiej jeśli do Lazarusa użyjemy dla wszystkich osób testu tej samej firmy, dzięki czemu będziemy mieli największy overlap czyli pokrycie w sprawdzeniu tych samych pozycji na chromosomach. Mając testy w tej samej firmie, odzyskasz więcej informacji niż jeśli np. żona miałaby test w 23 and me a córka My heritage. Każda z firm używa innego chipa, który sprawdza nieco inne segmenty naszego DNA. Mam nadzieję, że odpowiedziałam na Twoje pytanie, w razie wątpliwości, pisz 🙂

Reply

Leave a Comment